جزایر غیر مسکونی خلیج‌فارس از مهم‌ترین مناطق جوجه‌آوری پرندگان مهاجر آبری بوده که به واسطه قرار گرفتن در آب‌های کم‌عمق و سرشار از مواد غذایی ارزش فزاینده‌ای یافته‌اند. این زیستگاه‌ها از لحاظ بوم‌شناختی مناطق بسیار آسیب‌پذیری می‌باشند و به‌شدت در معرض مداخلات انسانی، فشار توسعه و خطرات ناشی از آلودگی نفتی قرار دارند.

نتایج مطالعات میدانی کارشناسان ستادی و استانی سازمان حفاظت محیط زیست نشان داد که بیش از 200 هزار جفت جوجه آور از 11 گونه از پرندگان آبزی در جزایر خلیج فارس آشیانه‌سازی و تخم‌گذاری می‌کنند. شمارش جمعیت‌های جوجه‌آور بر اساس شمارش آشیانه‌های فعال (جفت جوجه‌آور) برآورد شده است.

جزایر قبر ناخدا و دارا در استان خوزستان، جزایر نخیلو، ام‌الگرم و خان در استان بوشهر و جزایر شیدور و بنی فارور در استان هرمزگان از مهمترین زیستگاه‌های جوجه‌آوری پرندگان آبزی هستند. بیشترین جمعیت جوجه‌آور در جزایر بنی فارور و نخیلو به ترتیب با شمارش 68746 آشیانه از چهار گونه و 49859 آشیانه از شش گونه بود. آشیانه‌سازی و تخم‌گذاری گونه‌های مختلف پرندگان آبزی از فروردین‌ها آغاز می‌شود و جوجه‌ها پس از رشد و پروازی شدن تا پایان تابستان جزایر را ترک کرده و به سوی زیستگاه‌های زمستان‌گذران مهاجرت می‌کنند.

فراوان‌ترین گونه جوجه آور جزایر ایران با مجموع 111686 آشیانه (جفت جوجه آور) متعلق به پرستوی دریایی پشت تیره بود که حدود 55 درصد پرندگان جزایر ایرانی خلیج فارس را شامل می‌شود. پرستوی دریایی کاکلی کوچک نیز بیش از 30 درصد جمعیت پرندگان جوجه‌آور جزایر را با 62097 آشیانه به خود اختصاص داد.

سلیم خرچنگ خوار با بیش از 20 هزار آشیانه در رتبه بعدی بیشترین جمعیت جوجه‌آور پرندگان خلیج فارس قرار دارد. جزایر ایرانی خلیج فارس برای تولید مثل و بقا جمعیت جهانی سلیم خرچنگ خوار از اهمیت فوق العاده ای برخوردار بوده و مطالعات انجام‌شده نشان می‌دهد که بیش از 50 درصد از جمعیت جهانی این گونه در جزایر خلیج فارس جوجه‌آوری می‌کنند. تحلیل روند آماری پرندگان جوجه‌آور جزایر ایرانی خلیج فارس حاکی از پایداری در جمعیت و عدم نوسان شدید در دو دهه گذشته بود.

تغییرات جمعیت جوجه‌آور پرندگان آبزی در سواحل و جزایر تحت تأثیر شرایط بوم‌شناسی جوجه آوری آن‌ها است. پرندگان آبزی زیستگاه‌هایی برای جوجه‌آوری انتخاب می‌کنند که وضعیت مطلوبی برای بقا و جوجه‌آوری آن‌ها فراهم می‌آورد. بهبود شرایط زیستی سبب افزایش جمعیت و کاهش کیفیت زیستگاه، آلودگی‌ها و تغییرات بوم‌شناختی در زیستگاه سبب کاهش جمعیت آن‌ها می‌شود. به همین دلیل پرندگان آبزی جوجه‌آور شاخص مناسبی برای مدیریت زیست محیطی جزایر به‌شمار می‌روند.

در جزایر خلیج فارس زیستگاه‌های مناسب جوجه‌آور با توجه به وسعت، تنوع و تعدد جزایر عامل محدود کننده نبوده و امکان جابجایی پرندگان در جزایر مختلف در صورت بروز هر گونه تهدید وجود دارد ولی لازم است حفاظت زنجیره‌ای از جزایر در دستور کار قرار گیرد.

جزایر ایرانی خلیج فارس به‌دلیل نقش کلیدی در روند تکامل تولید مثلی برخی از پرندگان آبزی مهاجر علاوه بر قرار گرفتن در زمره مناطق تحت مدیریت سازمان حفاظت محیط زیست، در فهرست 105 گانه مناطق مهم پرندگان (IBA) با دارا بودن معیارهای مندرج در طبقه دوم قرار دارند. طبقه دو مناطقی هستند که به هنگام تولید مثل، مهاجرت و زمستان گذرانی محل تجمع شمار قابل ملاحظه‌ای از پرندگان هستند. با توجه به قرار گرفتن این جزایر در معرض تهدیدات محیط‌زیستی، تعیین وضعیت موجود و پیش بینی شرایط آینده به‌منظور پایش زیست‌محیطی این جزایر ضروری می‌باشد.

تجزیه و تحلیل نتایج سرشماری سالانه پرندگان آبزی جوجه‌آور تابستان گذران و بررسی روند تغییرات جمعیت جوجه آور جزایر از اهمیت خاصی برخوردار بوده و مدیران ارشد ستادی و استانی حفاظت محیط زیست می‌توانند در تصمیم‌سازی‌ها و اجرای برنامه‌های مدیریتی از داده‌های جمعیتی و تحلیل‌های ارائه شده استفاده کنند. در حال حاضر تخریب زیستگاه‌های جزایر، گردشگری ناپایدار، تغییر کاربری، از بین رفتن زیستگاه‌های جوجه‌آوری پرندگان آبزی و ورود گونه‌های غیر بومی ازجمله چالش‌های حفاظتی جزایر هستند.

برخی از جزایر خلیج فارس ازجمله جزایر بونه در خوزستان، خارک، خارکو و فارسی در استان بوشهر در گذشته از زیستگاه‌های جوجه‌آوری پرندگان در خلیج فارس بوده که امروزه مطلوبیت زیستگاهی خود را از دست داده‌اند. با توجه به انجام مطالعات پایش جمعیت و زیست‌شناسی جوجه‌آوری پرندگان جزایر خلیج فارس، اجرای برنامه‌های کاهش اثرات تهدیدها بر اساس راهبردهای مدیریت زیست بومی جزایر، گردشگری پایدار و توسعه حفاظت مشارکتی در دستور کار سازمان حفاظت محیط‌زیست قرار خواهد گرفت.