دلایلی مختلفی باعث شده است برخی از تالاب‌های کشور در وضعیت بحرانی قرار بگیرند. عدم تخصیص نیاز آب محیط زیستی و کشاورزی ناپایدار در حوضه و تغییرات اقلیمی برخی از این دلایل هستند.
رعایت حقآبه‌های محیط‌ زیستی نیز شاه‌کلید احیای تالاب‌هاست. باوجود وضعیت مناسب برخی از تالاب‌ها اما همچنان تالاب‌های مهمی در سطح کشور هستند که در وضعیت بحرانی قرار دارند و نیازمند اقدامات سازنده در جهت رفع مشکلات هستند.
آرزو اشرفی‌زاده؛ مدیرکل دفتر حفاظت و احیای تالاب‌های سازمان حفاظت محیط زیست پیش از این اعلام کرده بود: تالاب‌هامون به‌دلیل اقدامات افغانستان در در بالادست رودخانه‌ها به‌ویژه هیرمند و فراه و انحراف آب از مسیر طبیعی رودخانه هیرمند به سمت «گود زره» علی‌رغم جاری شدن سیلاب‌ در این رود، شرایط مناسبی ندارد. تالاب‌های بزرگی مثل گاوخونی، بختگان و پریشان به دلیل عدم تخصیص نیاز آب محیط زیستی و کشاورزی ناپایدار در حوضه و تغییرات اقلیمی در بحران هستند.
هامون مجموعه تالابی وسیعی است که در شمال استان سیستان و بلوچستان و در منطقه دشت سیستان قرار دارد. در گذشته‌ای نه‌چندان دور تالاب‌هامون سومین دریاچه پرآب کشور ما بوده است. وسعت هامون در شرایط حداکثر آبگیری حدود پنج هزار و 700 کیلومتر مربع است که از این مقدار 3820 کیلومتر مربع متعلق به ایران است. در منطقه سیستان، سه هامون به نام‌های پوزک، صابری و هیرمند قرار دارند. این هامون‌ها به طور مجزا از منابع آبی جداگانه تغذیه می‌شوند ولی در موقع حداکثر آبگیری به هم می‏‌پیوندند.
هامون پوزک از طریق شاخه پریان رود هیرمند، رود خاش و خوسپاس تغذیه می‌شود و وسعتی حدود 1484 کیلومتر مربع دارد که بیشترین بخش این تالاب در استان نیمروز افغانستان و حدود 330 کیلومتر مربع آن نیزدر ایران قرار گرفته است.
مساحت هامون صابری حدود 1029 کیلومتر مربع است. در شمال غربی دشت سیستان بین قسمتی از خاک ایران و افغانستان واقع شده و نسبت به هامون پوزک بزرگ‌تر است. هامون صابری از طریق رودخانه‌های فراه و هاروت همچنین از سرریز هامون پوزک تغذیه می‌شود. قسمت جنوبی هامون صابری که در ایران واقع شده، از عمق بیشتری برخوردار است.
هامون هیرمند در غرب دشت سیستان واقع شده و از طریق رود سیستان و رودخانه‌های شور همچنین هامون صابری تغذیه می‌شود. جریانات سطحی و ناچیزی هم از شرق، شمال و غرب وارد هیرمند می‌شود. تنها نقطه مرتفع دشت سیستان کوه خواجه است که با ارتفاع 609 متر از سطح دریای آزاد (100 متر از سطح زمین) در هامون هیرمند قرار دارد.
تداوم خشک‌سالی موجب کم‌آبی و یا خشک شدن بخشی از نشده و درسال‌های اخیر نیز به‌دلیل اجرای سیاست‌های آبی از سوی افغانستان از ساخت سدها و آب‌بندها گرفته تا اقدامات انجام شده برای هدایت و انحراف آب هیرمند به داخل افغانستان، دریافتی ایران از هیرمند خیلی کم شده و این مشکل هامون را دوچندان کرده. همین امر این تالاب را به کانون‌های گرد و غبار تبدیل کرده است.
*تالاب گاوخونی
تالاب گاوخونی اصفهان، مهم‌ترین تالاب در فلات مرکزی ایران است که تا دو دهه پیش از منبع اصلی و دائمی خود یعنی رودخانه زاینده‌رود تأمین می‌شد البته سیلاب‌ها و زیرحوضه‌های فصلی و موقت دیگری نیز در تغذیه این تالاب نقش داشته‌اند اما سهم آن‌ها کمتر از 10 درصد بوده است.
تالاب گاوخونی در سال 1354 در فهرست تالاب‌های بین‌المللی کنوانسیون رامسر قرار گرفت و از این منظر رسیدگی دائمی به شرایط آن اهمیت جهانی دارد اما تصاویر ماهواره‌ای از اوایل دهه 80 روند کم آبی این تالاب اکولوژیک را نمایان می‌کند.
در حال حاضر 95 درصد تالاب گاوخونی خشک است. زندگی 42 گونه گیاهی، 16 گونه خزنده، 15 گونه ماهی و 34 گونه پرنده به‌صورت مستقیم و غیر مستقیم در گرو سلامت گاوخونی است.
از طرف دیگر، زندگی سالم انسان‌های ساکن در اطراف تالاب گاوخونی نیز متأثر از تالاب گاوخونی است، تالاب گاوخونی در تمام سال‌های آبگیری، ذرات ریز و درشت شسته شده توسط آب‌های جاری را در خود حل کرده و حالا یک کانون بالقوه گردو غبار است و تأمین حقابه‌های قانونی تالاب گاوخونی از مطالباتی است که نقش چشمگیری در پیشگیری از آلودگی‌ هوا دارد.
*تالاب بختگان
دومین دریاچه بزرگ ایران بعد از دریاچه ارومیه و بزرگ‌ترین دریاچه مرکزی ایران است و به طول 120 کیلومتر در شهرستان‌های نی ریز، استهبان، بختگان و خرامه و ارسنجان در استان فارس قرار دارد. این دریاچه زیستگاه زمستانه پرندگانی است که از روسیه و دشت‌های سیبری به ایران مهاجرت می‌کنند.
دریاچه بختگان، باعث افزایش رطوبت هوا می‌شد و به علت بلند بودن ارتفاع کوه‌های پیرامون نی‌ریز، رطوبت حاصله در هوای همان منطقه باقی می‌ماند و باعث ثمردهی درختان انجیر، بادام، رز و زیتون در کوه‌ها می‌شود که می‌توان به نوعی آن را آبیاری مصنوعی کوه‌ها نامید.
وجود سه سد در بالادست تالاب بختگان بر روی رودخانه «کر» که منبع اصلی تأمین آب این دریاچه است، موجب خشک شدن این حوضه آبی شده‌ است.
تالاب بختگان در طرح بین‌المللی حفاظت از تالاب‌های ایران قرار دارد و طی سال‌های گذشته اقداماتی در راستای بهبود شرایط این تالاب انجام شده است.
*تالاب پریشان
تالاب پریشان از برجسته‌ترین تالاب‌های استان فارس در دشت ارژن است که در حال حاضر روزگار خوشی را سپری نمی‌کند. این تالاب از عرصه‌های آبی جنوب ایران در استان فارس و غرب شیراز به شمار می‌رود و فاصله کوتاهی تا کازرون دارد. ارتفاع دریاچه پریشان از سطح دریا حدود 820 متر است و مساحت این تالاب در دوره پرآبی به حدود 4,300 کیلومتر مربع رسیده بود.
نام تالاب پریشان را در فهرست تالاب‌های بین‌المللی ثبت کرده‌اند و در زمره مناطق حفاظت‌شده قرار دارد. اطراف دریاچه پریشان را کوهسارهای رشته کوه زاگرس پوشانده‌اند. کوه‌های شمالی این تالاب در حدود پنج کیلومتر و کوهستان‌های جنوبی تنها حدود 500 متر با دریاچه پریشان فاصله دارند.
دریاچه پریشان در حال حاضر شرایط وخیمی دارد و خشکی آن به‌جز اکوسیستم محیط خود، چرخه طبیعی زندگی جانوران مناطق اطراف را نیز در خطر نابودی قرار می‌دهد.
باتوجه به وضعیت بحرانی این تالاب‌ها انتظار می‌رود با هماهنگی ارگان‌ها و دولت جدید مدیریت منابع و مصارف آب در حوزه آبخیز تالاب‌ها، آمایش سرزمین در طرح‌های توسعه وابسته به منابع آب، بازنگری در اسناد تخصیص منابع و مصارف آب و تخصیص کامل حقابه‌های زیست‌محیطی تالاب‌ها در نظر گرفته شود چراکه این گونه اقدامات به بهتر شدن وضعیت تالاب‌ها در پایاب این حوضه‌ها کمک خواهد کرد.