بسیاری از همین پژوهش‌ها در زمان انتخاب موضوع به‌دلیل نیاز به بودجه کلان انتخاب نمی‌شوند و حتی در برخی موارد به‌دلیل هزینه‌های بالای نیمه‌کاره رها می‌شوند. تأمین بودجه نقش مهمی در پیشبرد اهداف پژوهشی در سطح کلان ایفا می‌کند.
منوچهر مرادی، با اشاره به برخی موانع در روند فعالیت‌های پژوهشی بیان کرد: یکی از مهم‌ترین مشکلات، تأمین هزینه شرکت پژوهشگران در کنفرانس‌های بین‌المللی است که نقش مهمی در رتبه‌بندی جایگاه دانشگاه‌ها ایفا می‌کند. شرکت در این کنفرانس‌های علمی در منطقه نیز حدود 2500 دلار هزینه دارد و این رقم برای کشورهایی با مسافت بیشتر افزایش خواهد یافت. با توجه به محدودیت‌های منابع، امکان شرکت در تمام این کنفرانس‌های بین‌المللی وجود ندارد.
وی ادامه داد: دستاوردهای بزرگ علمی حاصل یک پژوهش بزرگ است و برای انجام این پژوهش‌ها نیازمند سرمایه‌گذاری هستیم. بسیاری از همین پژوهش‌ها در زمان انتخاب موضوع به دلیل نیاز به بودجه کلان انتخاب نمی‌شوند و حتی در برخی موارد به دلیل هزینه‌های بالای نیمه‌کاره رها می‌شوند. تأمین بودجه نقش مهمی در پیشبرد اهداف پژوهشی در سطح کلان ایفا می‌کند.
به گفته معاون پژوهش و فناوری دانشگاه تهران، در حالی که بسیاری از پژوهشگران با حمایت دانشگاه خود اقدام به چاپ مقالات می‌کنند، تغییرات اخیر باعث شده که هزینه چاپ مقاله در مجلات بین‌المللی بر عهده نویسنده قرار گیرد. این موضوع هزینه‌های فراوانی را به پژوهشگران تحمیل می‌کند. از سوی دیگر، عدم چاپ مقاله نیز دایره ارتباطی پژوهشگران و معرفی آن‌ها را در سطح بین‌المللی با مشکلات متعددی روبه‌رو می‌سازد.
مرادی با بیان اینکه حمایت صنعت از فعالیت‌های پژوهشی نیازمند مشوق‌هایی است، افزود: مشوق‌هایی همچون حذف یا کاهش مالیات برای واحدهای صنعتی، ازجمله اقدامات ارزشمندی است که می‌تواند از بخش‌های پژوهشی حمایت کند. حذف معافیت مالیاتی از درآمد ناشی از پژوهش، باعث کاهش استقبال صنایع برای مشارکت در این بخش شده است.
وی ادامه داد: با توجه به اینکه فرآیند پژوهش یک فرآیند زمان‌بر است، پیشرفت برنامه‌های پژوهشی نیازمند تأمین منابع مالی و ایجاد مشوق‌هایی برای پژوهشگران است. در صورت فراهم نبودن این دو عامل، نمی‌توان در این زمینه شاهد دستاوردهای چشم‌گیری بود.
وی بیان کرد: پژوهش در کشور هزینه‌بر است. در کنار هزینه‌های مرسوم، افزایش برخی هزینه‌ها همچون افزایش سهم توازن به پنج درصد و همچنین حذف معافیت مالیاتی در این بخش، باعث کاهش استقبال سرمایه‌گذاران به بخش خصوصی شده. از سوی دیگر، شرکت‌های بیمه نیز چندان به سرمایه‌گذاری در این بخش اشتیاق ندارند. مجموع این شرایط باعث افزایش هزینه پژوهش و کاهش میزان سرمایه‌گذاری در این بخش شده است.
معاون پژوهش و فناوری دانشگاه تهران با بیان اینکه ظرفیت‌های مناسبی در فضای دانشگاهی برای حل مشکلات کشور، مانند ناترازی انرژی وجود دارد، تصریح کرد: دانشگاه تهران نزدیک به دو هزار استاد دارد و بیش از 50 استاد در زمینه هوش مصنوعی فعالیت می‌کنند. این ظرفیت می‌تواند در بسیاری از مشکلات کشور به کمک مسئولان بیاید. باید اذعان کرد که استفاده از بخش دانشگاهی در مسائل اجرایی تناسبی با ظرفیت علمی کشور ندارد.